武汉大学卓越工程师学院为学校新体制二级单位，学院在学校党委和行政领导下，以培养工程类专业学位硕博士研究生为主，开展相关工作。学院设综合办公室（理事会秘书处）、项目合作办公室、学生工作办公室等内设机构。学院具体职责包括：
1、研究制定卓越工程师学院发展规划，建设校企理事会管理、企业项目牵引、产教深度融合运行机制，制定完善相关政策制度。
2、负责实施工程硕博士培养模式改革。落实卓越工程师学院研究生思政教育及日常教育教学管理、校企双导师队伍建设等工作，建立健全招生、培养、学位授予与质量保障等全过程教育管理服务体系。
3、推进校企联合培养工作。推进校企共同实施订单式、项目制人才培养，开展校企共建的产教融合特色项目建设；常态化、制度化、规模化组织产教对接活动，协同建设类企业级别的仿真环境及工程技术实践平台；协调校企共同落实联合培养教学、科研、生活所需的空间设施等配套条件。
4、开展工程教育交流合作。联合国内外相关高校、企业和机构，建立国内外工程前沿科技交流机制，定期组织夏令营、论坛等活动，邀请工程科技领军人才和企业一流工程师开展教学指导，促进交流合作。